Construção de uma ferramenta web para integração rede proteica e transcriptoma
description: As rotas bioquímicas podem ser consideradas como uma rede de interações entre metabólitos, entre os quais muitos deles são proteínas codificadas a partir do genoma. Assim, o funcionamento de uma célula implica em interações que compõem uma rede complexa. Dados sobre o funcionamento celular em nível de interações proteínaproteína existem em abundância e apresentam diferentes origens: podem ser resultados de experimentos de alto desempenho (high throughput), que geram uma grande quantidade de informação, como técnicas de microarranjo (microarray), ou podem ser o resultado de alguma pesquisa focada em poucas proteínas ou genes que compõem uma rede. Observamos que o genoma funciona na forma de uma rede e, sendo assim, um módulo de muitos genes medianamente superexpressos ou subexpressos podem causar um efeito não desprezível. No entanto tal modificação poderia não ter sido analisada seguindo o critério de escolher genes com modificação no nível de expressão muito intenso. Uma maneira de contornar essa situação é usar um método que considere os níveis de expressão do genoma completo com a organização de genes a partir de uma rede de interação proteica com dados de transcriptoma. É possível avaliar a nível global a expressão do organismo desejado. A carência de ferramentas para análise de transcriptomas é o nosso motivador. Por isso estamos desenvolvendo uma ferramenta web baseada num software publicado pelo grupo, intitulado ViaComplex. Este software tem como objetivo projetar dados de transcrição gênica sobre uma rede de interação proteica e foi implementado utilizando linguagem FORTRAN, que é ideal para cálculos, mas tratando-se de gráficos, é inferior a outras linguagens de programação. O aplicativo web que está sendo implementado permite maior interação do usuário com o programa. O usuário pode mudar o layout da rede como desejar, o que é impossível na versão ViaComplex. Combinando poderosas linguagens de programação voltadas para web como PHP ( PHP: Hypertext Prepro…
creator: WAGNER SILVA WESSFLL
rights: Copyright 2012, by the Contributing Authors
language: pt-br
type: Video
format: video/x-msvideo